Rīdzenes upē atrasti trīs nogrimuši kuģi. Pirmais kuģis tika atrasts 1554. gadā tīrot upi. Lielās ģildes eltermaņu grāmatā birģermeistars Jurgens Pādels veicis ierakstu: “Visi uzsāka tīrīt Rīdziņu, sākot no Smilšu vārtiem līdz Kaļķu vārtiem, un tas maksāja 16 markas, un raka tik dziļi, līdz atrada pretim vecajiem Kaļķu cepļiem kāda kuģa paliekas”. Tas bija tagadējā Līvu laukuma vietā. Iespējams, ka kuģis bija nogrimis 13. gs.
Otrais kuģis tika atrasts arheoloģiskajos uzraudzības darbos 1938. gadā Armijas Ekonomikas veikala (AEV) būvbedrē. Arheologs K. Apinis avīzē ‘’Jaunākās Ziņas” raksta ka kuģis bija daļēji sadedzis. Tas bija būvēts no ozolkoka. Kuģi datēja ar 13.-16. gs., jo nebija iespējams precīzāk noteikt kad šis kuģis ir nogrimis upē. Iespējams ka daļa kuģa ir zem Rīdzenes ielas blakus AEV, bet diemžēl 2005. gadā arheoloģiskajos izrakumos kuģa fragmentus neatrada.
Tajā pašā gadā netālu no AEV, PK izrakumos tika atrasts Trešais Rīgas kuģis, kurš Rīdzenes upē bija nogrimis 13. gs. sākumā. Vaļņu un 13. janvāra ielas krustojumā bija paredzēts celt Pasta Krājkasi. Būvbedrē 7 m dziļumā tika atsegts labi saglabājies kuģa vraks. 1939. g. kuģi pilnībā attīrīja, tas gulēja zemē, apmēram 15 m garā joslā, sasvēries uz labajiem sāniem. Kreisais borts pacēlās augstāk un bija stipri cietis vēlākajos gadsimtos, upi bagarējot. Kuģis bija 14,3 m garš, tā platums 4,9 m, augstums 2,4 m, svars ~4300 kg, celtspēja ~30 tonnas, iegrime ar pilnu kravu – 1,4 m. Kuģi būvējot izlietotas 1455 dzelzs kniedes un < 400 kaltas naglas, 480 koka tapas, vadnis un 19 brangas, buras augstums bija ~7 m. Kuģī tika atrasta dzelzs bulta ar 45 cm garu koka kātu, dunča ādas maksts, dzeramais rags, kas gatavots no zāģēta govs raga, dzelzs harpūnas smailis un bronzas spirālgredzens ar vītu vidusdaļu. Šīs senlietas datējamas ar 12. gs. b. – 13. gs. sāk. Kuģis bija piemērots kuģošanai pa jūru. Tas ir kogges tipa laivveida vienmastu burukuģis ar taisniem vadņiem un atklātu kravas telpu. Rīgas kuģis cirsts ar namdara cirvi. 1939. gada augusta beigās sākās Rīgas kuģa izcelšanas darbi. Katru detaļu rūpīgi fiksēja, sanumurēja, lai pēc izcelšanas no zemes un konservēšanas Rīgas Vēstures un kuģniecības muzeja restaurācijas darbnīcā varētu atkal savienot kopā restaurēto kuģi tā sākotnējā izskatā. Pēc izcelšanas detaļas pārvietoja uz Ķemereja ielu, kur muzejam bija noliktava. 1941. gada 28. jūnijā vācu karaspēkam apšaudot Rīgu daļēji tika iznīcināts Rātslaukums un tā apkārtne, sadega arī muzeja noliktava ar visām kuģa detaļām. Saglabājās tikai kuģa ķīlis, priekšvadnis, pakaļvadnis un dažas brangas, kas bija atvestas uz muzeju restaurācijai. Tagad šīs detaļas redzamas Rīgas Vēstures un kuģniecības muzeja ekspozīcijā.
