Lai Rīdzenes upe būtu kuģojama, rāte aizliedza upē bērt atkritumus, bet rīdzinieki to neievēroja. Tāpēc Rīgas rātei vajadzēja organizēt upes tīrīšanas un padziļināšanas (bagarēšanas) darbus. Pirmo reizi tie tika veikti jau 1405. gadā, vēlāk – 1535., 1554., 1610. gadā un c. Tīrot Rīdzenes gultni, reizēm no tās izcēla liecības par iepriekšējos gadsimtos veiktajiem darbiem, vai arī atrada sen nogrimušu kuģu un laivu atliekas. Piemēram, 1610. gadā tīrot upes gultni tika atrastas 1297. gadā karā nopostītā tilta paliekas. 1554. gadā atrada 13. gs. kuģa atliekas (Līvu laukumā). 16. gs. b. lai pasargātu Rīgas priekšpilsētu no plūdiem tika uzcelts Inču dambis (tagadējā Maskavas iela), kas nosprostoja Speķupi un tā kļuva par stāvošu dīķi, līdz ar to Rīdzenes upei vairs nepieplūda svaigs ūdens, un pamazām tā arvien vairāk aizsērēja.
Rīdzene kļuva par stāvošu, smirdīgu atkritumu grāvi, kas pilsētā radīja infekciju draudus, tāpēc 1733. gadā upi daļēji jau sāka aizbērt, atstājot tās vidū ar dēļiem segtu kanālu. Virs aizbērtās upes radās jauni gruntsgabali. Pēc pilsētas vaļņu nojaukšanas 19. gs. 60. gados tika likvidētas pēdējās Rīdzenes upes paliekas. Zem tagadējās Meistaru, Kalēju un Minsterejas ielām izmūrēja jaunu apakšzemes kanālu, kuru savienoja ar vecās gultnes paliekām, bet ūdeņus novadīja Daugavā.
19. gs. b. Rīdzenes upi visā tās garumā pilnīgi aizbēra. vēl 19. gs. daļēji aizbērtās Rīdzenes upes ūdeņi ietecēja pilsētas aizsarggrāvī, kas tika mākslīgi izrakts 17. gs., kad apkārt Rīgai izbūvēja jaunu nocietinājumu sistēmu – zemes vaļņus. 19. gs. vidū šī sistēma zaudēja savu stratēģisko nozīmi un 1857. gadā svinīgos apstākļos tika nolemts zemes vaļņus likvidēt. Piecu gadu laikā (1857-1863) zemes vaļņi tika norakti, lielākā daļa zemes tika sabērtas aizsarggrāvī, ko vēlāk pārdēvēja par pilsētas kanālu un tā abos krastos izveidoja parku. Kanāls ir 3,2 km garš un ~ 2m dziļš, un trīs reizes šaurāks nekā senais aizsarggrāvis. Pilsētas kanāls ir robeža starp veco un jauno Rīgu.
Līvu laukumā ar bruģakmeņu palīdzību ir iezīmēti abi Rīdzenes upes krasti. Bruģakmeņi un puķudobes izlikti līkloču veidā, vizuāli veidojot upes viļņus, arī soli ir izveidoti kā upes viļņi. Pie Kaķu mājas uz Zirgu ielas ir viens bruģakmens, kas jau kopš 90. gadu vidus iezīmē vietu, kur kādreiz tecējusi upe (uz akmens ir uzzīmēts līklocis un uzraksts RĪDZENE).
